How do we get the fish we need?

How do we get the fish we need?

Bagaimana mendapatkan ikan yang kita inginkan?

To get the fish that we need for our study, we have to mate the fish in the following way:

Untuk mendapatkan ikan yang kita inginkan dalam penelitian kita, kita harus menggabungkan dua ikan dengan langkah-langkah sebagai berikut:

In STEP 1, we mate a female Platyfish with a spotted side pigment pattern to a male Swordtail with no pigment pattern. The little fish that they have are called offspring. All of their offspring have spotted sides.

Tahap 1, Kita mengawinkan Platyfish betina yang memiliki spot pada sisi tubuhnya dengan Ikan Swordtail jantan yang tidak memiliki spot pada sisi tubuhnya.  Ikan yang dihasilkan dari perkawinan itu kita sebut offspring.  Semua ikan offspring yang dihasilkan memiliki spot pada sisi tubuhnya.

In STEP 2, we mate one of the male offspring with a spotted side pigment pattern to a female Swordtail with no pigment pattern. Their offspring are the four fish pictured in the diagram at on the bottom of this page. Two of the fish, the heavy spotted and the light spotted, are the fish that we study. These fish have a greater chance of getting a melanoma due to the combination of different genes that they inherit from their parents.

Tahap 2, Kita mengawinkan offspring jantan dengan spot pada sisi tubuhnya  dengan ikan Swordtail betina tanpa spot.  Offspring yang mereka hasilkan adalah keempat gambar ikan pada diagram di bawah ini.  Dua dari ikan tersebut memiliki spot yang jelas atau tebal dan memiliki spot yang tidak tebal, kedua ikan inilah yang kita teliti. Ikan ini memiliki peluang yang besar mendapatkan melanoma karena perbedaan kombinasi gen yang mereka warisi dari kedua induk mereka.

 Source:

A project of the Community Outreach and Education Program of the NIEHS Center for Research on Environmental Disease
The University of Texas M. D. Anderson Cancer Center Science Park - Research Division at Smithville
© 2005 The University of Texas M. D. Anderson Cancer Center. All Rights Reserved.

Prosedur Uji Kapang dan Khamir

Ruang lingkup: Standar ini digunakan untuk menentukan jumlah total mikroorganisme aerob pada produk perikanan.

Prinsip: Pertumbuhan mikroorganisme aerob setelah contoh diinkubasikan dalam media agar pada suhu 22 - 25^oC selama 5 hari.  Penentuan jumlah kapang dan khamir dilakukan dengan cara  metode agar tuang (pour plate).

Acuan:   SNI 01-2332.7-2009

Kapang:

Morfologi Kapang yang bentuknya hifa biasa dikenal sebagai jamur/mould. Morfologinya sangat khas yaitu sel yang memanjang dan bercabang, koloninya kering sehingga bentuknya seperti kapas. Check it out gambar dibawah ini!

Jamur yang tergolong sebagi kapang diantaranya:

1. microsporum canis
2. tricophyton mentagrophytes
3. aspergilus sp

Khamir:

Morfologi khamir yang bentuknya berupa ragi biasa dikenal sebagai yeast. Morfologi khas dari jamur ini adalah bentuknya yang bulat, licin, dan menyerupai bakteri. Look at this one!!!

Media dan Pereaksi:

·        Potato Dextrose Agar (BPA)

·        Larutan Butterfield’s phosphat buffered (BFP)

·        Larutan standar

Prosedur              :

·        Preparasi Contoh

Contoh yang akan diuji diambil secara acak dan aseptik dengan ketentuan berat sebagai berikut:

-         Contoh dengan berat kurang dari 1 kg, diambil sebanyak 100 g

-         Contoh dengan berat 1kg - 4.5 kg, diambil sebanyak 300 g

-         Contoh dengan berat lebih dari 4.5 kg diambil sebanyak 500 g

·        Homogenasi dan Pengenceran

-    Timbang contoh secara aseptik sebanyak 25 g kemudian masukkan ke dalam plastik stomacher

-    Tambahkan larutan BFP sebanyak 225 ml.  Homogenat ini merupakan larutan pengenceran 10^-1.

-     Dengan menggunakan pipet steril, ambil 1 ml homogenat diatas dan masukkan  ke  dalam 9 ml larutan BFP untuk mendapatkan pengenceran 10^-2.

-    Siapkan pengenceran selanjutnya (10^-3) dengan mengambil 1 ml contoh dari pengenceran 10^-2 ke dalam 9 ml larutan BFP

-    Pada setiap pengenceran dilakukan pengocokan minimal 25 kali.  Selanjutnya lakukan hal yang sama untuk pengenceran 10^-4, 10^-5 dan seterusnya sesuai kondisi contoh.

·        Metode Cawan Agar Tuang (pour plate method)

-    Pipet 1 ml dari setiap pengenceran 10^-1, 10^-2, dst dan masukkan ke dalam cawan petri steril.  Lakukan secara duplo untuk tiap pengenceran.

-     Tambahkan 15 ml – 20 ml PDA yang sudah didinginkan dalam waterbath hingga mencapai suhu (45±1) ^oC ke dalam masing-masing cawan yang sudah berisi contoh.  Supaya contoh dan media PDA tercampur sempurna lakukan pemutaran cawan ke depan ke belakang dan ke kiri ke kanan.

-    Setelah agar menjadi padat, untuk penentuan mikroorganisme aerob inkubasi cawan-cawan tersebut dalam posisi terbalik dalam inkubator pada suhu 22^oC – 25^oC, selama 5 hari.

-    Lakukan kontrol tanpa contoh dengan mencampur larutan pengencer dengan media PDA.

·        Perhitungan Koloni

1.  Hitung cawan yang mengandung jumlah 10 koloni-150 koloni dan catat pengenceran yang digunakan.

           

               N =                           ∑ C                          

                                  [( 1 X n₁ ) + ( 0,1 x n₂ )] x ( d )

Dengan :

N       :  Jumlah koloni  produk,  dinyatakan dalam koloni  per ml atau koloni

              per g.

∑C    :  Jumlah koloni pada semua cawan yang dihitung

n₁      :  Jumlah cawan pada pengenceran pertama yang di hitung

n₂      :  Jumlah cawan pada pengenceran kedua yang di hitung

d       :   Pengenceran pertama yang di hitung.

                  CONTOH :

Pengenceran:         1:100                    1:1000

Jumlah Koloni:     132 dan 144          23 dan 18

N = ( 132 + 144 + 23 + 18 )

 [( 1X2 ) + ( 0,1X2 )] 10²

 = 317/0,022

= 14.409

= 14.000 koloni per g

1.     Hitung cawan yang mengandung jumlah koloni lebih dari 150 koloni dan catat pengenceran yang digunakan.  Bila jumlah koloni per cawan lebih dari 150 pada seluruh pengenceran maka laporkan hasilnya sebagai terlalu banyak untuk dihitung (TBUD), tetapi jika salah satu pengenceran mempunyai jumlah koloni mendekati 150 laporkan sebagai perkiraan kapang dan khamir

CONTOH:

Pengenceran         1  :  100           1  :  1000

Jumlah koloni          TBUD                   170

Perkiraan ragi dan kapang koloni per ml atau per g  170.000

2.   Hitung cawan yang mengandung jumlah koloni kurang dari 10 koloni atau cawan tanpa koloni dan catat pengenceran yang digunakan.  Bila pada kedua pengenceran yang digunakan diperoleh koloni kurang dari 10, catat koloni yang ada, nyatakan perhitungan sebagai kurang dari 10 dan kalikan dengan 1/d, dimana d adalah faktor pengenceran pertama yang digunakan dan dilaporkan sebagai perkiraan ALT kapang dan khamir.

CONTOH:

Pengenceran        1 : 100             1 : 1000

Jumalah koloni      8 dan 0             2 dan 0

Perkiraan ALT ragi dan kapang koloni per ml atau per g Lebih kecil dari 1.400

·        Pelaporan

-     Untuk menghasilkan perhitungan yang akurat dan teliti, maka laporkan hasilnya dengan dua angka ( digit ) pertama sebagai hail pembulatan.

-     Bulatkan keatas dengan cara menaikkan angka edua menjadi angka yang lebih tinggi bila angka ketiga adalah 6,7,8 atau 9 dan gunakan angka 0 untuk masing-masing angka pada digit berikutnya.

-    Bulatkan kebawah bila angka ketiga adalah 1,2,3 atau 4. Bila angka ketiga 5, bulatkan keatas bila angka kedua ganjil dan bulatkan kebawah bila angka kedua itu genap.

CONTOH :

   Hasil Perhitungan                         ALT

12.700                                       13.000

12.400                                       12.000

15.500                                       16.000

14.500                                       14.000

• Beri tanda bintang (*) untuk cawan yang kurang dari 10 koloni.

        CONTOH :

   Pengenceran   : 1:100                        1:1000

  Jumlah Koloni   : 8 dan 0                     2 dan 0

                    Perkiraan ALT Koloni : Lebih kecil 1.400*   per ml atau koloni per g.

Koloni Kapang dan Khamir Pada Produk Perikanan

Tim analis mikrobiologi telah melakukan uji internal "Kapang dan Khamir" sesuai SNI 2332.7:2009 pada beberapa produk perikanan seperti: Ikan segar, Udang rebus beku, Telur ikan terbang kering, dan Gurita (Octopus) beku.  Hal ini dilakukan karena pada kenyataannya, beberapa waktu terakhir ini tidak ada permintaan terhadap pengujian Kapang dan Khamir, padahal sebagai laboratorium yang terakreditasi, kompetensi laboratorium harus selalu terjaga demi profesionalisme laboratorium.  Oleh sebab itu pengujian terhadap beberapa produk perikanan harus tetap kami lakukan walaupun tanpa permintaan dari customer.

Kapang adalah  mikroba yang memiliki lebih dari satu sel berupa benang benang halus yang disebut hifa, kumpulan hifa disebut miselium, dan berkembang biak dengan spora.
Khamir adalah mikroba bersel tunggal berbentuk bulat lonjong dan memperbanyak diri dengan cara membentuk tunas (askospora), tetapi tidak membentuk miselum.

Penentuan Staphylococcus aureus (SNI 01-2332.9-2011) Pada Produk Perikanan

Penentuan Staphylococcus aureus  Pada Produk 
Perikanan (SNI 01-2332.9-2011) Dengan Metode Cawan Hitung (Plate Count) - Kuantitatif

1.      Prinsip

Metode cawan hitung agar sebar dengan cara menuangkan media Baird Parker Agar (BPA) ke dalam cawan petri steril, biarkan membeku, kemudian contoh sebanyak 1 ml disebar di atas permukaan media.  Konfirmasi koloni terduga (suspect) S. aureus dilakukan dengan uji koagulase dan uji tambahan.  Metode ini sesuai untuk menganalisa makanan yang diduga mengandung lebih dari 100 koloni S. aureus per gram.

2.      Peralatan

-          Autoclave

-          Inkubator 35^oC ±1^oC

-          Timbangan analitik dengan ketelitian 0.0001 g

-          Tabung reaksi

-          Cawan petri 15 mm x 90 mm

-          Colony Counter

-          Stomacher dan plastik stomacher

-          Batang gelas bengkok diameter 3 mm–4 mm, dengan panjang tangkai 15 cm–20 cm

-          Pipet gelas atau micro pipette 0.1 ml dan 1 ml

-          Gelas ukur 250 ml

-          Gelas preparat

-          Membran apparatus

-          Membran filter

-          Erlenmeyer 500 ml

-          Waterbath

3.      Media dan Pereaksi

-          Baird Parker Agar (BPA)

-          Brain Heart Infusion (BHI) broth

-          Purple carbohydrate broth (masing-masing mengandung glucose dan manitol 0.5%)

-          Toluidine Blue-DNA Agar

-          Coagulase plasma (Rabbit) dengan EDTA

-          Parafin oil steril

-          Larutan BFP (Butterfield’s Phosphate) buffered

-          Pereaksi Katalase (3% H₂O₂)

-          Pereaksi pewarnaan gram

-          Trypticase (tryptic) Soy Agar

 Metode Pengujian

1.      Kondisi Pengujian

Selama melakukan pengujian, terapkan teknik aseptis dan lakukan pengujian di ruangan atau Laminar air flow yang terkontrol.  Media BPA dalam petri yang akan digunakan harus dalam keadaan kering.  Bila koloni S. aureus belum tumbuh dengan baik setelah 48 jam, inkubasi kembali sampai 72 jam sebelum dilakukan perhitungan.

2.      Prosedur

Timbang contoh secara aseptic sebanyak 25 g, kemudian masukkan ke dalam wadah plastik stomacher steril.  Tambahkan 225 ml larutan BFP, homogenkan selama 2 menit.  Homogenat ini merupakan larutan pengenceran 10¹.  Dengan menggunakan pipet steril, ambil 1 ml homogenate di atas dan masukkan ke dalam 9 ml larutan BFP untuk mendapatkan pengenceran 10².  Siapkan pengenceran selanjutnya (10³) dengan mengambil 1 ml contoh dari pengenceran 10² ke dalam 9 ml larutan BFP.  Pada setiap pengenceran dilakukan pengocokan minimal 25 kali pada alat vortex.  Selanjutnya lakukan hal yang sama untuk pengenceran 10⁴, 10⁵…dst. sesuai kondisi contoh.

 Sampel Tuna

 Homogenat telah di stomacher

 Menuang BPA agar ke dalam petri

3.      Isolasi Staphylococcus aureus

a.       Secara aseptis pindahkan 1 ml dari setiap pengenceran 10¹, 10²,..dst. masukkan dalam 3 cawan petri masing-masing (0.4 ml, 0.3 ml, 0,3 ml) yang sudah berisi media BPA.

b.      Ratakan inokulum pada permukaan agar dengan menggunakan batang gelas bengkok dan biarkan inokulum sampai terserap ke dalam media kira-kira 10 menit dalam media BPA kering.  Bila inokulum belum terserap, letakkan cawan dalam incubator dengan posisi menghadap ke atas sekitar 1 jam.  Balik cawan petri dan inkubasi selama 45 jam – 48 jam pada suhu 35^oC ±1^oC.

c.       Koloni S. aureus pada BPA mempunyai cirri-ciri: koloni bundar, licin/halus, cembung, diameter 2 mm – 3 mm, warna abu-abu hingga kehitaman, sekeliling tepi koloni bening (terbentuk halo).  Koloni-koloni mempunyai konsistensi berlemak dan lengket bila diambil dengan jarum inokulasi.

d.      Strain yang berasal dari makanan beku atau makanan kering yang sudah lama disimpan, sering memberikan warna yang kurang hitam dibandingkan dengan koloni yang khas Staphylococcus aureus.  Selain itu kenampakan koloni juga kasar dan teksturnya kering.

1.      Perhitungan Koloni

a.       Pilih cawan yang mempunyai jumlah koloni 20-200.  Hitung dan catat jumlah koloni

b.      Bila terdapat beberapa jenis koloni yang terlihat seperti S. aureus pada cawan petri, hitung masing-masing jenis tersebut dan catat hasil perhitungannya secara terpisah.

c.       Jika cawan petri pada pengenceran terendah berisi kurang dari 20 koloni, data koloni dapat digunakan.

d.      Bila terdapat cawan yang berisi lebih dari 200 koloni dengan ciri-ciri S. aureus dan pada pengenceran yang lebih tinggi tidak ditemukan koloni, maka gunakan cawan tersebut untuk menghitung S. aureus.

e.      Ambil 2 atau lebih koloni terduga untuk uji koagulase dan uji tambahan.

2.      Uji Koagulase

a.       Inokulasi koloni terduga S. aureus ke dalam 2 ml HBI broth dan inkubasi 18 jam-24 jam pada suhu 35^oC ±1^oC.

b.      Pindahkan 0.2 ml-0.3 ml inokulum tersebut ke dalam tabung steril dan tambahkan 0.5 ml koagulase plasma kemudian aduk.  Inkubasi pada suhu 35^oC ±1^oC.  Amati tiap jam untuk 4 jam pertama dan selanjutnya hingga 24 jam untuk melihat terbentuknya koagulan. 

c.       Koagulan yang terbentuk secara padat/solid dan tidak jatuh apabila tabung dibalik dinyatakan positif (reaksi 4+) Staphylococcus aureus.  Koagulan yang menunjukkan reaksi 2+ dan 3 + harus dilakukan uji tambahan.  Tipe reaksi uji koagulase dapat dilihat pada Gambar.

Reaksi koagulase 4+

Atas (2+); tengah (3+); bawah (4+)

1.      Uji Tambahan

a.       Uji katalase

-          Ambil 1 ose inokulum dari BHI broth lalu goreskan ke dalam TSA miring dan inkubasi selama 18 jam-24 jam pada suhu 35^oC ±1^oC

-          Setelah diinkubasi, ambil 1 ose inokulum tersebut dan letakkan di atas gelas preparat.  Tetesi dengan H₂O₂ untuk melihat pembentukan gelembung-gelembung gas.

b.      Fermentasi Glukosa secara Anaerob

-          Ambil 1 ose inokulum dari BHI broth.  Inokulasikan ke tabung reaksi yang berisi media karbohidrat mengandung 0.5% glukosa, tutup lapisan atas dengan paraffin oil steril setebal 25 mm.

-          Inkubasi selama 5 hari pada suhu 35^oC ±1^oC.  Kondisi asam dihasilkan secara anerob jika terjadi perubahan warna media dari ungu menjadi kuning, ini menunjukkan adanya Staphylococcus aureus.

c.       Fermentasi Manitol secara Anaerob

Lakukan hal yang sama seperti fermentasi glukosa secara anaerob.  Gunakan manitol sebagai karbohidrat dalam media.  Staphylococcus aureus biasanya memberikan hasil positif yang ditunjukkan dengan terjadinya perubahan warna dari ungu ke kuning, tetapi beberapa strain memberikan hasil negatif.

Fermentasi glukosa & manitol 

sebelum inkubasi

Fermentasi glukosa & manitol

setelah inkubasi

d.      Uji Produksi Nuklease Thermostabil

Uji ini tidak dapat menggantikan uji koagulase tetapi hanya digunakan untuk mendukung pengujian yang memberikan reaksi koagulase 2+.  Pada uji ini, terjadi perubahan warna dari biru menjadi merah muda cerah

-          Tuang 3 ml toludine blue-DNA agar di atas permukaan gelas preparat.  Setelah media agar tersebut membeku, lubangi dengan diameter 2 mm.

-          Ambil 0.01 ml kultur BHI broth yang telah dipanaskan dalam waterbath mendidih pada suhu 100^oC selama 15 menit.

-          Letakkan gelas preparat pada kondisi yang lembab dan inkubasi selama 4 jam pada suhu 35^oC ±1^oC.  Apabila terbentuk lingkaran berwarna merah muda cerah di sekeliling lubang sekurang-kurangnya 1 mm, menunjukkan reaksi positif.

 

Tabel 1.  Karakteristik yang khas dari Staphylococcus aureus, S. epidermis, dan Micrococci

Karakteristik	S. aureus	S. epidermis	Micrococci (a)
1.  Uji Katalase	+	+	+
2.  Uji Koagulase	+	-	-
3.  Uji Produksi Nuklease Thermostabil	+	+	-
4.  Fermentasi secara anaerob -  Glukosa - Manitol	+ +	+ -	- -
CATATAN:  a+, Mayoritas (90% atau lebih) strain adalah positif                       -, Mayoritas (90% atau lebih) strain adalah negatif

10.      Pelaporan Staphylococcus aureus dengan metode cawan hitung (Plate Count) agar sebar

Dari setiap pengenceran, jumlahkan koloni-koloni pada ketiga cawan Petri yang memberikan hasil koagulase atau uji tambahan positif kemudian kalikan dengan faktor pengencerannya.

Laporkan hasilnya sebagai jumlah Staphylococcus aureus per gram produk.

-          Untuk menghasilkan perhitungan yang akurat dan teliti, maka laporkan hasilnya dengan dua angka (digit) pertama sebagai hasil pembulatan.

-          Bulatkan ke atas dengan cara menaikkan angka kedua menjadi angka yang lebih tinggi, bila angka ketiga adalah 6, 7, 8 atau 9, maka gunakan angka 0 untuk masing-masing angka pada digit berikutnya.

-          Bulatkan ke bawah bila angka ketiga adalah 1, 2, 3 atau 4.  Bila angka ketiga 5, bulatkan ke atas bila angka kedua ganjil dan bulatkan ke bawah bila angka kedua itu genap

CONTOH:

Hasil Perhitungan                       Staphylococcus aureus

12.700                   menjadi           13.000

12.400                   menjadi           12.000

15.500                   menjadi           16.000

14.500                   menjadi           14.000